Projekt je realizován na území o rozloze přibližně 50 ha, protierozní opatření na 100 ha. Začátek projektu spočíval ve zpracování designového návrhu skupinou odborníků založeného na permakulturních a ekologických principech. Hlavní důraz byl kladen na komplexní dlouhodobé fungování na všech úrovních. Z klimatických opatření potom na zadržení a uchování vody v krajině a protierozní opatření.
Podle doporučení specialistů vybudoval Tomáš Franěk, majitel permafarmy, více než dva kilometry svejlů pro zachycení vodní eroze a přívalových srážek. Jejich součástí jsou dva otevřené poldry ponechané přírodě k vytvoření sukcesní plochy. Jeden tvoří v čase bohatém na srážky mokřadní plochu.
Vytvořil také víceúčelové krajinotvorné prvky ve formě pěti bioklimatických pásů. Ty chladí krajinu a bezprostřední pěstební plochy, slouží jako větrolamy i zdroj hustého stínu a vlhkosti. Jejich orientace k světovým stranám, postavení po vrstevnici a vůči převládajícím větrům způsobuje lepší mikroklima pro pěstování zeleniny a odolnost vůči extrémním klimatickým jevům. Mělký příkop potom zachycuje vodu a organické materiály a je cenným zdrojem biodiverzity pro ptáky, hmyz a další drobné živočichy.
Tomáš Franěk nechal vysadit 10,5 ha ovocných sadů s moderními i starými odrůdami, 1 ha ořešákového sadu, 1 ha kaštanky, 2 pásy stromů a keřů pro včely, jeden krajinotvorný sad s třešněmi a založil 5,8 ha ploch pro zeleninu. Podél nově vysazených ovocných sadů oplocených pletivem vysázel 4 km živých plotů s původními druhy keřů a stromů (růže šípková, svída krvavá, hloh obecný, brslen evropský). Dohromady se jedná o přibližně 4 900 ks stromů a 13 000 keřů. Vysel 9,5 ha trávy s pastvinou, 10 ha je obhospodařováno na polní plodiny a 2 ha jiných ploch s třešněmi a kaštanovníky. Do krajiny vypustil bažanty a koroptve pro podporu diverzity a rovnováhu hmyzích škůdců. Všechny keře a stromy pěstované v bioklimatických pásech jsou převážně jedlé a využívané pro výrobu potravin nebo jako zdroj materiálů pro mulč a časem i jako zdroj palivového dřeva.
Uvedená opatření jsou již funkční a díky nim je v místě v podstatě nulová vodní a větrná eroze půdy. Tyto prvky způsobují i na tak malé ploše vyšší odolnost krajiny a vyšší účinnost funkce ekologického režimu díky dohatší diverzitě hmyzu, ptáků, drobných živočichů a především mikrobiotě v půdě. Díky opatřením nepoužívá farmář žádné chemické prostředky na ochranu rostlin a minerální hnojiva. Má stabilnější zemědělskou produkci, nižší náklady a zdravé jídlo pro své zákazníky. Došlo také ke snížení hladiny dusičnanů v pitné vodě v okolních obcích.
Součástí farmy je truhlářská a kovářská dílna. V truhlářské dílně Tomáš Franěk vyrábí trvanlivé kusy nábytku z místních dubů (např. designové kuchyňské stoly, zásobníky na krbové dřevo, domácí oltáře, venkovní sázecí stoly a mobilní kuchyně). V budově kreativního centra jsou používány přírodní materiály, hliněné štuky a místní dřevo. Centrum a ubytování slouží k setkávání lidí na seminářích a kulturních akcích. V přilehlé kuchyni dochází ke zpracování místního bio ovoce a zeleniny. Ve zrekonstruované budově určené pro skladování ovoce a zeleniny připravují v sezóně farmářské bedýnky. Dalším záměrem je rekonstrukce bývalého kravína na potravinářskou výrobnu.
Jagava Permafarma je od roku 2015 součástí ukázkových permakulturních projektů, které realizuje spolek Permakultura CS.