Zvýšení kapacity koryta Moravy v rámci II A etapy se týká 1437 metrů dlouhého úseku řeky. Začíná soutokem Moravy s Mlýnským potokem a končí v místě, kde řeka podtéká železniční most na trati Olomouc – Brno. Zahrnuje zvýšení hrází o 80 centimetrů. V úzkých úsecích byly náspy nahrazeny zídkami. Zároveň došlo ke snížení pravého břehu mezi mosty Velkomoravská a U dětského domova v celkové délce 625 metrů. Jeho nová úroveň je tak 2 metry nad úrovní dna řeky. Snížen byl i levý břeh v délce 100 metrů před mostem U dětského domova. Tato snížení umožňují bezpečný rozliv vody do nezastavěné krajiny.
Součástí protipovodňových opatření je i pohyblivý uzávěr na Mlýnském potoce, zvětšení objemu vody, který beze škod protoče pod mostem Velkomoravská a přeložení některých inženýrských sítí. Než se přistoupilo k úpravě, musel být navíc v délce 832 metrů přeložen hlavní kanalizační sběrač o průměru 1,8 metru, a to až za hráz mimo rozlivový prostor případných povodní.
Celá protipovodňová stavba není jen technickým dílem, má i ekologický přesah. Její součástí je rozčlenění hrany břehů, střídání klidných a peřejnatých úseků s vybudováním rybích úkrytů. Díky novému souběžnému korytu řeky vznikl 350 metrů dlouhý ostrov.
